1、海关对综合保税区与境外之间进出的货物实行备案制管理，对从境外进入保税区的货物予以保税（供区内企业和行政管理机构自用的交通运输工具、生活消费用品除外）。
2、区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资；区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件；区内企业和行政管理机构自用合理数量的办公用品,从境外进入综合保税区，海关免征进口关税和进口环节增值税。
3、从区内运往境外的货物免征出口关税（法律、行政法规另有规定的除外）。
4、区内与境外之间进出的货物，不实行进出口配额、许可证件管理（法律、行政法规和规章另有规定的除外）。
5、保税货物在区内存储无期限限制。
6、区内企业不实行加工贸易银行保证金台账和合同核销制度，海关对保税区内加工贸易货物不实行单耗标准管理。
7、区内企业可以开立经常项目外汇帐户和资本项目外汇专用帐户(外商独资或中外合资企业)；不实行外汇核销；企业外汇收入可以全额留存；企业外商投资者的利润、股息、红利（需经税务部门核准后）可以汇出境外。
8、区内企业间交易免交增值税和消费税。
9、区内企业生产供区内销售或运往境外的产品，免征区内加工环节增值税。
10、国内货物入区视同出口，实行退税。
11、符合边境小额贸易政策规定的货物入区存储再出区，可按边境小额贸易方式报关。
