绥芬河海关为正处级机构，下设绥芬河海关缉私分局（正处级）,东北沟办事处（副处级），共设 24个科室机构。包括办公室,人教科,政工科,监审室,财务和关务保障科,技术科,综合业务科,稽查科,保税科,统计科,风险监控科,铁路通关科,铁路物流查验,铁路旅检科,东北沟办事处综合科,东北沟办事处通关科,东北沟办事处查验科,东北沟办事处物流监控科,东北沟办事处旅检科,机关服务分中心,缉私局办公室,缉私局法制科,缉私局侦察科,缉私局查私科。
